Микробиологическому исследованию подвергают кожу и слизистые оболочки глаз, носа, зева, влагалища, препуция, ануса, а также раны, кровь, гной, мочу, кал, сперму, спинномозговую жидкость.

Материал отбирают в стерильную посуду в услових, исключающих микробное загрязнение пробы. Для выделения облигатных анаэробов материал отбирают шприцом. Желательно брать материал до начала химиотерапии и как можно скорее доставлять его в лабораторию.

Тару, содержащую материал для анализа, маркируют с указанием его вида.

Бактериологический анализ обычно включает микроскопию мазков-отпечатков, посев, выделение чистой культуры, идентификацию микроорганизмов по микроскопическим, тинкториальным, культуральным, биохимическим признакам, а также определение чувствительности к антимикробным препаратам. Необходимо учитывать, что обнаружение на коже, слизистых оболочках, в кале микробов еще не свидетельствует о их патогенности для организма собаки. Так, в норме у собак на коже и слизистых оболочках обитают микроорганизмы родов Staphylococcus, Clostridium, Corinebacterium, Malassezia, Neisseria, Escherichia coli, Pseudomonas. В тоже время высоко патогенными могут быть Staphilococcus aureus, Streptococcus, Pseudomonas, Proteus, Klebsiella, E.coli.

Микологический анализ включает обнаружение желто-зеленой флуоресценции грибов рода Microsporum непосредственно на коже при облучении лампой Вуда, микроскопию шерсти и других объектов, выделение грибковых культур.
СОСКОБЫ КОЖИ СОБАКАМ 

Соскобы кожи делают для обнаружения клещей Demodex, Sarcoptes, Notoedres, Otodectes, вызывающих соответственно демодекоз, зудневую и ушную чесотку, а также их личинок и яиц. Для этого острым предметом, лучше скальпелем, делают глубокие соскобы пораженных участков до появления крови. При демодекозе исследуют, кроме того, содержимое пустул. Материал помещают в капельку масла и микроскопируют при малом увеличении. Идентифицируют паразитов по морфологическим признакам. Соскоб кожи с шерстью используют для микроскопического анализа на грибки; при этом его обрабатывают 10% раствором щелочи.
КОСТНЫЙ МОЗГ

Пробы костного мозга у собак отбирают с целью исследования клеточного состава, на предмет диагностики гемобластозов, анемий, других заболеваний системы крови, а также для диагностики остеомиелита. Собаке дают наркоз или применяют комбинацию транквилизатора с местной анестезией. Выстригают шерсть в месте предполагаемой пункции (подвздошная кость или проксимальный конец бедренной кости), обрабатывают антисептиком, вкалывают специальную иглу для костномозговых пункций, извлекают мандрен и аспирируют шприцом костный мозг, из которого изготавливают мазки или используют для микробиологического анализа.
СПИННОМОЗГОВАЯ ЖИДКОСТЬ

Спинномозговую жидкость используют для цитологического, биохимического и микробиологического анализа при заболеваниях центральной нервной системы. Кроме того, во время пункции атлантоокципитальной цистерны можно вводить в спинномозговую жидкость антибиотики. Техника операции: собаке дают легкий наркоз, фиксируют в боковом положении, выстригают шерсть в области прокола (посередине между затылочным бугром и краниальным крылом атланта), приводят голову к груди, вкалывают иглу длиной 5-10 см, одновременно оттягивая поршень шприца, до появления спинномозговой жидкости.